Paolo Boncio si laurea con lode a Perugia nel 1993, svolgendo una tesi in geologia strutturale. Nel 1993 vince un Dottorato di Ricerca in sismotettonica. Da allora si occupa di tettonica attiva, geologia del terremoto e sismotettonica con applicazioni alla pericolosità sismica. Dal 1998 si occupa anche di pericolosità sismica locale e microzonazione sismica, con particolare riguardo alla pericolosità da fagliazione in superficie.

Ha acquisito competenze nel campo della sismotettonica applicata alla pericolosità sismica, con approcci multidisciplinari e con risultati che sono tuttora di riferimento a livello nazionale e internazionale. Contribuisce alla comprensione della pericolosità da fagliazione in superficie e alla definizione di strategie di zonazione e di criteri di quantificazione di interesse globale, anche con approcci probabilistici. Ha fatto parte del gruppo di lavoro per la redazione delle Linee Guida per la gestione del territorio nelle aree interessate da faglie attive e capaci. E’ membro di gruppi di ricerca internazionali che si occupano di pericolosità sismica e pericolosità da fagliazione in superficie (Fault2SHA; UCLA-Fault Displacement Hazard Initiative). Contribuisce alla compilazione di databases globali di fagliazioni cosismiche in superficie (SURE, FDHI db) e alla messa a punto di modelli PFDHA. E’ cofondatore dello Spin-off universitario SHAking (shaking-srl.it).

Ha pubblicato oltre 80 articoli su riviste scientifiche internazionali ed oltre 20 su riviste italiane.